私は Nucleus で複数のブログを別々のパスで運用しています。

今回 Nucleus Ver 3.41 から Ver 3.64 にバージョンアップしてみたら、NP_CustomURL が上手く動作しなくなりました。

調べてみると、globalfunctions.php 内の selectBlog 関数の中で $blogid 変数のチェックが追加になったのが原因でした。
トレースすると selectBlog を呼び出す時点で blogid が設定されているために blogid が更新されません。

  // Ver 3.41 の selectBlog 関数
  $blogid = getBlogIDFromName($shortname);
  // Ver 3.64 の selectBlog 関数
  if (!$blogid) {
    $blogid = getBlogIDFromName($shortname);
  }
これを回避するには、index.php 内で selectBlog 関数を呼び出す前に $blogid 変数をクリアすれば良いようです。 
<?php
// index.php
$CONF = array();
$CONF['Self'] = '';
include('config.php');  // config.php へのパス
$blogid = NULL;         // 追加
selectBlog('blogname');
selector();
?>
ほかの人の参考になるかも知れないので一応メモ。